La sénatrice Padmé Amidala (Natalie Portman), ancienne reine de la planète Naboo, se rend sur Coruscant afin de discuter au Sénat la nécessité de créer une armée de la République. À peine arrivée sur place, elle échappe à un attentat. Le jeune apprenti Jedi Anakin Skywalker (Hayden Christensen) est alors chargé de la protéger tandis que son maître Jedi Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) est missionné pour enquêter sur la tentative d’assassinat.

Le soir suivant, une tueuse à gages du nom de Zam Wesell (Leeanna Walsman) tente une nouvelle fois d’assassiner la sénatrice. Prise en chasse par Anakin et son maître, elle est capturée. Mais avant qu’elle ne puisse leur parler, elle est tuée par un dard empoisonné lancé par un autre assassin. Tandis qu’Anakin reconduit Padmé sur la planète Naboo, Obi-Wan se rend sur la mystérieuse planète-océan Kamino, lieu de fabrication supposé du fameux dard empoisonné.

Sur Kamino, Obi-Wan découvre qu’une armée de clones est en production pour le compte de la République. Les cloneurs lui annoncent que l’armée a été commandée il y a dix ans par un Jedi nommé Sifo-Dyas. Jango Fett (Temuera Morrison), un chasseur de primes, a été payé pour être le modèle génétique de tous les clones. Obi-Wan rencontre alors Jango et l’identifie comme étant le tueur qui a éliminé Wesell. Après avoir essayé de le capturer sans succès, Obi-Wan place un émetteur sur son vaisseau et le suit jusqu’à la planète Géonosis.

Pendant ce temps, Anakin Skywalker et Padmé Amidala passent beaucoup de temps ensemble sur Naboo. Anakin révèle son amour profond pour la jeune sénatrice. Cependant, Padmé résiste, expliquant que leur amour est impossible, puisqu’en tant que Jedi, il n’a pas le droit de se marier. Anakin est irrité par cela et éprouve un conflit intérieur entre ses désirs pour elle et son devoir de Jedi. Tous les deux finissent quand même par s’embrasser, incapables de résister à leur attirance mutuelle.

Anakin est également préoccupé car il ressent que Shmi (Pernilla August), sa mère, est en grave danger. Il s’arrange donc pour que Padmé l’accompagne jusqu’à Tatooine, sa planète natale. Sur place, il apprend de son ancien maître ferrailleur, Watto (Andy Secombe), que sa mère n’est plus une esclave, qu’elle s’est mariée et vit dans une nouvelle famille, les Lars. Mais il découvre également qu’elle a été enlevée un mois plus tôt par des Hommes des Sables. Anakin part alors à sa recherche et la trouve mourante, prisonnière d’un campement d’Hommes des Sables. Incapable de la sauver, le Jedi ne peut que regarder sa mère mourir dans ses bras. Dans un accès de fureur, il massacre alors les Hommes des Sables sans épargner ni les femmes, ni les enfants.

Averti du danger, le Conseil Jedi décide d’agir contre l’armée du comte Dooku. Le maître Jedi Mace Windu (Samuel L. Jackson) prend sous son commandement tous les Jedi disponibles et se rend sur Géonosis, tandis que Yoda (Frank Oz) va sur Kamino pour y recruter la fameuse armée de clones. Pendant ce temps, le Chancelier Suprême de la République Palpatine se voit attribuer d’urgence les pleins pouvoirs pour légitimer le recours à l’armée de clones.

Sur Géonosis, le comte Dooku essaye de persuader Obi-Wan de rejoindre les Séparatistes, l’avertissant qu’un seigneur Sith, Dark Sidious (Ian McDiarmid), a un contrôle grandissant sur le Sénat galactique. Obi-Wan refuse de le croire, rétorquant que les Jedi l’auraient su si cela avait été le cas. Devant ce refus, Dooku le condamne à mort.

Anakin et Padmé arrivent sur la planète, mais sont rapidement capturés et eux aussi condamnés à mort. Ils se retrouvent alors attachés avec Obi-Wan dans une arène où trois monstrueuses créatures sont lâchées sur eux, pour le plus grand plaisir des autochtones. Pendant leur lutte, Mace Windu arrive avec de nombreux Jedi et ils affrontent les droïdes des Séparatistes dans l’arène. Même si Windu réussit à tuer le chasseur de primes Jango Fett, la défaite face aux droïdes, en surnombre, semble imminente. Mais l’arrivée de Yoda à la tête de la nouvelle armée de clones de la République leur permet cependant de fuir l’arène.

Une grande bataille s’ensuit entre l’armée de clones et celle des droïdes séparatistes. Les droïdes tentent alors de repousser l’armée de clones de la République, sans succès. Au même moment, le comte Dooku essaye de s’échapper, mais Obi-Wan et Anakin le rattrapent dans son hangar secret, où ils entament un nouveau combat. Mais ils ne sont pas de taille face à la grande maîtrise de la Force et du sabre laser que possède le comte Dooku : Obi-Wan est blessé et Anakin se fait trancher le bras droit. Le maître Jedi Yoda apparaît juste au moment où Dooku s’apprête à les achever. Il défie alors Dooku qui fut autrefois l’un de ses apprentis. Dooku sous-estime le maître Jedi et le défie au sabre laser, mais il se rend vite compte qu’il ne fait pas le poids face à Yoda. Le comte tente alors de tuer Anakin et Obi-Wan, mais grâce à la Force, Yoda parvient à sauver les deux Jedi. Le comte Dooku en profite alors pour s’échapper dans son vaisseau jusqu’à Coruscant, et y retrouve son maître, Dark Sidious. Celui-ci est heureux que la guerre ait commencé, « comme il l’avait prévu ».

De retour à Coruscant, Obi-Wan informe le Conseil Jedi des révélations de Dooku, à savoir que Dark Sidious a pris le contrôle du Sénat. Yoda et Mace Windu conviennent alors qu’il faudra à l’avenir surveiller le Sénat de près. Rétabli et disposant d’une prothèse mécanique pour son bras droit, Anakin retourne sur Naboo où il se marie dans le plus grand secret avec Padmé.

Source: Wikipédia