Le chancelier suprême Valorum envoie le Jedi Qui-Gon Jinn (Liam Neeson) et son apprenti Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) sur le vaisseau de la Fédération qui commande le blocus de la planète Naboo. Ils ont ordre de résoudre rapidement le litige et d’entamer des négociations. Ce qu’ils ne savent pas c’est que Nute Gunray (Silas Carson) et Sidious (Ian McDiarmid) ont un autre objectif que la suppression de la taxe commerciale. Des droïdes de combat essaient alors d’éliminer les Jedi, mais sans succès. Les deux chevaliers prennent donc la route du centre de commandement du vaisseau et tentent de mettre la main sur Gunray. Mais les Jedi, dépassés par les forces de l’ennemi, décident de fuir et se cachent dans des transports de troupes. Ils découvrent alors que la Fédération veut en réalité conquérir Naboo.

Une fois sur la planète, Qui-Gon et Obi-Wan font la connaissance d’un autochtone, le Gungan Jar Jar Binks (Ahmed Best) qui a été banni par les siens. Il propose alors à Qui-Gon et Obi-Wan de les mener à Otoh Gunga, la ville subaquatique capitale de son peuple. Là-bas, les Jedi négocient un moyen de transport avec le dirigeant d’Otoh Gunga, Boss Nass (Brian Blessed). Qui-Gon utilise une manipulation mentale afin de convaincre le dirigeant, qui finit par accepter en leur donnant un vaisseau sous-marin Gungan. Et, en espérant se débarrasser à jamais de Binks, Boss Nass accepte de le laisser partir comme guide aux Jedi.

Le trio s’en va en passant par le noyau de la planète vers Theed, la capitale des humains de Naboo. Arrivés à bon port, les deux Jedi parviennent à libérer la reine des Naboos Padmé Amidala (Natalie Portman). Ils la convainquent de quitter sa planète envahie pour aider le sénateur Palpatine (Ian McDiarmid) à plaider sa cause au Sénat galactique sur Coruscant.

Lors de la fuite, leur vaisseau est endommagé et doit se poser d’urgence sur la planète voisine de Tatooine. Alors qu’il est à la recherche de pièces de rechange dans la ville de Mos Espa, Qui-Gon rencontre un jeune humain du nom d’Anakin Skywalker (Jake Lloyd). Il découvre que ce dernier est l’esclave de Watto (Andy Secombe), le principal ferrailleur de la ville, mais aussi que le garçon est peut-être l’élu d’une ancienne prophétie. Anakin conseille à Qui-Gon de parier avec Watto sur la prochaine course de module qu’il va courir. Watto et le Jedi arrivent à un accord : si Anakin gagne, Qui-Gon remporte les pièces de rechange et Watto garde les gains de la victoire. En cas de défaite, Watto gardera le vaisseau de Qui-Gon. Le matin de la course, le Jedi fait un nouveau pari avec le ferrailleur. Si le jeune coureur gagne, il retrouve sa liberté, s’il perd, son module de course deviendra la propriété de Watto. Après une course acharnée et très disputée, Anakin parvient à remporter la victoire.

Désormais à l’abri sur Coruscant, la reine Amidala plaide la cause de sa planète au Sénat galactique sans grand succès. Frustrée par la corruption et l’incapacité du Sénat à résoudre le conflit, elle propose une motion de censure à l’encontre du chancelier suprême Valorum. Ce dernier est alors destitué et les sénateurs nomment à sa place Palpatine qui a profité de la sympathie engendrée par la situation dans laquelle se trouve Naboo. Malgré cette victoire, la reine, qui n’en peut plus d’attendre l’aide du Sénat, décide de repartir sur sa planète accompagnée par Qui-Gon, Obi-Wan et Anakin. Sur place, elle conclut une alliance avec les Gungans de Boss Nass. Elle dévoile alors à ses alliés son plan : les Gungans devront se battre contre toute l’armée de la Fédération pour faire diversion pendant que les pilotes Naboos tenteront de détruire le vaisseau amiral de la Fédération et que la reine essayera de capturer Nute Gunray.

Alors que le plan de la reine Amidala se déroule comme prévu, le seigneur Sith Dark Maul entre à nouveau en scène. Les Jedi Obi-Wan et Qui-Gon décident de l’affronter au sabre laser pour laisser le champ libre à la reine. Quant à Anakin, il se retrouve involontairement aux commandes d’un vaisseau spatial et participe donc à l’attaque contre la flotte de la Fédération. La reine réussit à s’emparer de Nute Gunray tandis qu’Anakin détruit le vaisseau amiral. Tous les droïdes qui s’opposaient aux Gungans se retrouvent alors déconnectés. Mais Obi-Wan et Qui-Gon continuent quant à eux de se battre contre Maul. Après plusieurs minutes de lutte, Obi-Wan se retrouve coincé derrière une barrière énergétique et assiste impuissant à l’assassinat de son maître. La barrière désactivée, Obi-Wan se bat avec rage et finit par vaincre Maul en le tranchant en deux.

Quelque temps plus tard, les maîtres Jedi arrivent sur Naboo pour assister aux funérailles de Qui-Gon, et en profitent pour nommer Obi-Wan au rang de Chevalier Jedi. Pour satisfaire les dernières volontés de Qui-Gon, ils acceptent que le jeune Anakin devienne son apprenti, malgré les mises en garde de Yoda, qui craint un danger dans l’initiation du jeune garçon. Windu confirme ensuite à Yoda que l’assassin de Qui-Gon était bien un Sith. Yoda rappelle alors que les Sith sont toujours deux : un maître et un apprenti. L’un a été tué, mais le survivant reste un danger pour les Jedi et la République.

Source: Wikipédia