Après avoir rejoint le vaisseau, les deux Jedi s’avancent jusqu’au quartier du général Grievous (Matthew Wood). Ils y découvrent le chancelier Palpatine (Ian McDiarmid) retenu en otage par le chef du mouvement séparatiste, le comte Dooku (Christopher Lee). Celui-ci engage le combat contre eux et parvient à mettre rapidement Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) hors de combat. Mais Anakin (Hayden Christensen), plus fort et plus enragé que le vieux comte, parvient finalement à le vaincre. Puis, contrairement aux préceptes des Jedi, il le décapite, poussé à perpétrer cet acte par Palpatine. Affaibli par les tirs des escadrilles républicaines, le vaisseau prend alors feu. Grievous s’échappe grâce à une navette de sauvetage, laissant la charge à Anakin et Obi-Wan de faire atterrir le vaisseau à la surface de la planète.

Reconduisant le chancelier au Sénat galactique sur Coruscant, Anakin reçoit les félicitations des dignitaires de la République et retrouve sa femme Padmé Amidala (Natalie Portman), après plusieurs mois de séparation. Celle-ci lui révèle qu’elle est enceinte. Émerveillé par cette nouvelle, Anakin est cependant troublé la nuit suivante par un rêve qu’il fait. Padmé réveillée, il lui révèle qu’il l’a vue mourir en couches. Traumatisé par la mort de sa mère qu’il n’a pu empêcher, Anakin se jure de ne pas perdre une nouvelle fois celle qu’il aime. Sauver Padmé devient alors pour lui une obsession.

Le chancelier Palpatine, qui manœuvre pour conserver les pleins pouvoirs qu’il a acquis grâce à la guerre, flatte Anakin et s’ingénie à accroître la méfiance qu’a le jeune homme envers le conseil des Jedi. Il parvient d’ailleurs à le faire nommer son représentant au sein de ce conseil qu’il soupçonne de comploter contre lui. Les maîtres Jedi acceptent cette demande car ils veulent qu’Anakin surveille pour eux les agissements du chancelier.

Palpatine commence ensuite à faire miroiter à Anakin la possibilité de sauver son épouse. Invitant ce dernier à l’opéra de Coruscant, où il assiste à une représentation, le chancelier lui conte l’histoire de Dark Plagueis, un Sith qui aurait acquis le pouvoir de vaincre la mort. Anakin entrevoit dans cette histoire la possibilité de sauver Padmé de ses prémonitions. Le chancelier précise alors que les Jedi ne dispensent pas un tel enseignement.

Sur Coruscant, Palpatine dévoile à son jeune protégé qu’il maîtrise les arcanes du pouvoir Sith, seuls à même de lui permettre de sauver Padmé. Anakin, choqué, comprend alors que le chancelier est le Sith que le conseil Jedi recherche depuis plus de dix ans. Après un moment d’hésitation, il choisit d’en informer ses pairs. Quatre maîtres Jedi se rendent alors à la chancellerie pour mettre aux arrêts Palpatine. Dégainant son sabre laser, le chancelier abat en un instant trois Jedi. Il s’ensuit un long combat entre le seigneur Sith et Mace Windu (Samuel L. Jackson), le maître Jedi survivant. Malgré les incroyables pouvoirs du chancelier, Windu parvient à l’emporter. Anakin pénètre alors dans le bureau du chancelier, et n’écoutant que son obsession à sauver sa femme, il désarme le Jedi. Reprenant alors l’avantage, Palpatine foudroie Windu avec ses pouvoirs Sith et le précipite dans le vide par la baie vitrée du bureau. Conscient de la gravité de son geste, Anakin accepte donc de se soumettre à Palpatine. Ce dernier en fait son apprenti Sith et le rebaptise Dark Vador.

Palpatine donne alors l’ordre, aux officiers répartis sur les différents fronts de la galaxie, d’assassiner les Jedi qui sont à leurs côtés. Obi-Wan et le maître Jedi Yoda sont parmi les seuls à échapper aux massacres. Sur Coruscant, l’élimination des Jedi est confiée au seigneur Vador, qui prend la tête d’un régiment de clones et tue tous les Jedi présents dans le temple, même les jeunes novices. Sa sombre besogne effectuée, Vador revient auprès de Padmé pour s’assurer qu’elle va bien. Il lui annonce que les Jedi se sont révoltés et qu’ils sont dorénavant considérés comme des ennemis de la République. Puis il lui déclare que le chancelier l’a chargé de mettre fin à la guerre en l’envoyant sur la planète volcanique Mustafar.

Aidés par le sénateur Bail Organa (Jimmy Smits) d’Alderaan, Yoda et Obi-Wan reviennent sur Coruscant. Arrivés sur place, les deux Jedi découvrent l’horrible vérité sur Anakin et Palpatine. Yoda charge alors Obi-Wan de retrouver et d’éliminer le premier. Le vieux maître Jedi se charge lui-même du second, qu’il devine trop puissant pour Obi-Wan. Pendant ce temps à la tribune du Sénat galactique, Palpatine dénonce la traîtrise des Jedi. Il déclare ensuite sous les acclamations la dissolution de la République et l’avènement d’un Empire galactique dirigé par son auguste personne.

Arrivé à Mustafar, Vador tue tous les dirigeants séparatistes et met ainsi fin à la guerre des clones. De son côté, Obi-Wan explique la situation à Padmé qui refuse de le croire et de lui révéler où se trouve son mari. Troublée, elle part immédiatement le rejoindre, emmenant sans le savoir Obi-Wan, qui s’est dissimulé dans son vaisseau. Sur Mustafar, Padmé retrouve Anakin. Quittant sa cachette, Obi-Wan les rejoint. Croyant qu’elle l’a trahi, l’apprenti Sith étrangle sa femme jusqu’à la rendre inconsciente.

Se reprochant mutuellement l’origine de ce geste, Obi-Wan et Vador commencent alors à s’affronter avec leur sabre laser. Parallèlement, Yoda défie Palpatine mais se retrouve très vite dépassé par les pouvoirs du seigneur Sith. Yoda se résout alors à s’enfuir et rejoint le vaisseau du sénateur Organa. Sur Mustafar, Vador, malgré les mises en garde d’Obi-Wan, se lance imprudemment sur son ancien maître, lequel lui tranche les jambes et le bras gauche d’un seul coup. Obi-Wan lui exprime sa tristesse, ramassant son sabre laser, puis le laisse agonisant au bord d’une rivière de lave où il brûle. Le Jedi transporte ensuite Padmé jusqu’à son vaisseau puis quitte la planète. Rejoint par Bail Organa et Yoda, Obi-Wan conduit Padmé à un centre médical. Elle y accouche de deux enfants et, n’ayant plus la volonté de vivre, s’éteint, convaincue qu’il reste encore du bon en Anakin.

Le sénateur Bail Organa et les deux Jedi rendent le corps de Padmé à sa famille sur la planète Naboo puis assistent aux funérailles de la jeune femme. Ils décident cependant de garder secrète la naissance des enfants d’Anakin et de Padmé. Leia, la fille, est confiée au sénateur d’Alderaan tandis que Luke, le garçon, est emmené sur la planète Tatooine chez son oncle, sous la protection d’Obi-Wan. Yoda, lui, choisit de s’exiler sur la planète Dagobah, alors que Palpatine et Dark Vador à bord du vaisseau amiral de l’Empire observent la construction d’une nouvelle arme absolue : l’Étoile noire.

Source: Wikipédia