La société pharmaceutique Worthington a mis au point un « vaccin » permettant aux mutants de renoncer à leurs pouvoirs. Pour la première fois de leur histoire, un choix s’offre à eux : conserver leurs caractéristiques uniques mais également la méfiance de l’Humanité, ou bien abandonner leurs pouvoirs et devenir des êtres humains normaux. Malicia (Anna Paquin) fait partie des mutants qui veulent renoncer à leurs pouvoirs.

Scott Summers / Cyclope (James Marsden), très déprimé depuis la mort de Jean Grey (Famke Janssen), retourne à Alkali Lake et Jean lui apparaît soudain en sortant du lac, ses pouvoirs s’étant manifestement développés. Alerté par ses pouvoirs psychiques, le professeur Xavier (Patrick Stewart) envoie Wolverine (Hugh Jackman) et Tornade (Halle Berry) à Alkali Lake et les deux mutants retrouvent Jean Grey inconsciente mais vivante alors que Cyclope a disparu. Ils la ramènent au manoir des X-Men où le professeur Xavier leur explique que Jean Grey a libéré, en se sacrifiant, la partie de son subconscient appelée « le Phénix ». Craignant sa puissance incontrôlable, Xavier avait contenu le Phénix depuis de nombreuses années. Jean Grey, désormais contrôlée par le Phénix, s’échappe peu après du manoir.

Magnéto (Ian McKellen), secondé par Pyro (Aaron Stanford) et Mystique (Rebecca Romijn), recrute quant à lui de nombreux mutants dans sa confrérie afin de lutter contre la firme qui produit les vaccins anti-mutants. Il délivre notamment le Fléau (Vinnie Jones) et l’Homme-Multiple (Eric Dane) et s’entoure de mutants tels que Callisto (Dania Ramírez), Psylocke (Mei Melançon), Spike (Lance Gibson) ou encore Arclight (Omahyra Mota). Mais Mystique, touchée par un pistolet à aiguille, se fait inoculer le vaccin. Elle perd ses pouvoirs et Magnéto l’abandonne.

Magnéto et Xavier cherchent Jean Grey et la retrouvent dans la maison où elle a passé son enfance. Pendant que Wolverine et Tornade se battent contre le Fléau et Callisto, le professeur Xavier essaie de contrôler le Phénix mais cette dernière, rongée par une rancœur accumulée durant toutes ces années, libère sa puissance destructrice et, par là-même, semble tuer le professeur Xavier. N’ayant plus de repères, le Phénix s’allie à Magnéto et sa confrérie, persuadée par Magnéto que Xavier lui a menti toute sa vie sur ce qu’elle est vraiment.

Magnéto, ayant désormais le champ libre, quoique triste de la disparition de son vieil ami, lève une armée de mutants afin d’assiéger l’île d’Alcatraz, île sur laquelle se trouve Jimmy / Sangsue (Cameron Bright), l’enfant grâce auquel la société Worthington fabrique les vaccins anti-mutants, et dont la capacité est d’annuler tous les pouvoirs des mutants à proximité de lui. Tornade, Wolverine, le Fauve (Kelsey Grammer), Iceberg (Shawn Ashmore), Colossus (Daniel Cudmore) et Kitty Pryde (Ellen Page) unissent leurs forces pour affronter Magnéto. Un gigantesque combat éclate car les mutants de Magnéto donnent l’assaut alors que les militaires défendent l’île. Iceberg triomphe de Pyro, Kitty Pryde sauve Jimmy du Fléau, Tornade électrocute Callisto et Wolverine finit par réussir à distraire Magnéto le temps que le Fauve lui injecte l’antidote, ce qui lui retire tous ses pouvoirs.

Cependant, le Phénix n’est pas vaincu et détruit tout autour d’elle. Wolverine comprend alors que seul lui peut l’arrêter. Il s’efforce de s’approcher de Jean Grey, mutilé par sa puissance psychique, mais grâce à sa mutation et à son squelette en adamantium, il parvient à arriver jusqu’à elle. Jean regagne momentanément le contrôle et supplie Wolverine de la tuer, ce qu’il fait le cœur brisé.

Tornade est désormais à la tête de la Fondation Xavier, alors que la tombe de Jean Grey est à côté de celles de Scott Summers et de Charles Xavier. À la fin du film, on retrouve Magnéto jouant aux échecs seul, et il parvient à faire très légèrement bouger une pièce grâce à l’aimant à sa base.

Source: Wikipédia