Pologne, 1944. Un groupe de prisonniers juifs est conduit vers un camp nazi où une sinistre sélection met d’un côté un jeune adolescent et de l’autre le restant de sa famille. Comprenant leur funeste destin, le garçon, agissant par instinct, veut rejoindre ses parents mais les gardes ne peuvent l’emmener, son corps étant bloqué par l’attraction magnétique qui le lie aux portes du camp de la mort. Ce n’est qu’une fois assommé que le garçon est emmené alors que ses proches sont exterminés. Des années plus tard, aux États-Unis, un vieil homme quitte en colère une assemblée où le sénateur Robert Kelly (Bruce Davison) prône une loi pour l’identification et l’enfermement des mutants dont l’existence vient d’être révélée au monde. Il est suivi par un homme en fauteuil roulant qui tente de le convaincre de changer d’avis et de laisser une chance aux humains de bien se conduire pour une fois. Erik Lensher (Ian McKellen), alias Magnéto, survivant des camps de la mort, refuse de courir le risque de finir à nouveau dans un tel endroit et éconduit son ancien ami Charles Xavier (Patrick Stewart).

Dans une chambre ordinaire, une adolescente discute avec son petit ami de leur futur voyage vers l’Alaska. Alors qu’ils s’embrassent, la jeune fille provoque par accident un transfert de force de son petit ami qui sombre dans le coma. Effrayée, elle s’enfuit de chez elle et se retrouve dans une petite ville minière du Canada. Sans ressources et sans but, elle rencontre Logan (Hugh Jackman), un combattant d’une arène locale qui remporte toutes ses victoires facilement sans qu’il ne porte trace des coups violents qu’il reçoit. Le combattant s’attire en fin de compte l’hostilité d’un adversaire qui le soupçonne de tricherie. Logan s’énerve et sort de ses poignets des griffes en métal, avant de trancher le fusil du barman et de quitter les lieux. Sur la route, Logan se rend compte que la jeune fille s’est introduite dans son camping car. Son premier mouvement est de la jeter dehors, mais il la laisse remonter quand il se rend compte qu’elle n’a aucune chance de survivre dans la forêt canadienne. La jeune fille se présente sous le nom de Malicia (Anna Paquin), et Logan, sous celui de Wolverine, gravé dans ses plaques métalliques de l’armée américaine. Le duo est alors intercepté par Dents-de-Sabre (Tyler Mane), un homme de grande stature et d’une force surhumaine, qui provoque un accident. Logan est inconscient et Malicia est sur le point d’être capturée quand une tempête de neige se lève, bloquant les gestes de Dents-de-Sabre. Cyclope (James Marsden) joint ses forces à celles de Tornade (Halle Berry) pour envoyer Dents-de-Sabre au loin, sauvant Malicia du véhicule en feu.

À son réveil, Logan, dans une salle médicale, bondit et neutralise les gestes de Jean Grey (Famke Janssen) qui essayait de le soigner avant de s’enfuir. Il se retrouve dans un manoir situé dans le comté de Westchester de l’État de New York où une voix dans sa tête l’informe de sa bienveillance. Logan se rend compte qu’il se trouve dans une école où les élèves sont tous des mutants. Le professeur Xavier l’informe que Malicia a choisi de rester pour apprendre à maitriser ses pouvoirs. Étant un puissant télépathe, il offre à Logan de lui venir en aide pour percer les nombreux mystères de son passé mais Logan, même s’il est séduit par la belle Jean Grey, refuse l’offre. Xavier l’informe tout de même que si Magnéto s’intéresse à lui comme la venue de Dents-de-Sabre le prouve, il ne pourra pas faire face seul.

Robert Kelly, en tournée d’inspection, est enlevé par Mystique (Rebecca Romijn), qui a pris l’apparence d’un de ses gardes du corps, et par le Crapaud (Ray Park) qui a remplacé le pilote de l’hélicoptère. Devenu le prisonnier de Magnéto, il est exposé par ce dernier à un étrange rayonnement issu d’une machine alimentée par le pouvoir du mutant avant d’être renvoyé en cellule creusée dans une falaise. Kelly se rend compte que son corps est devenu élastique. Effrayé par ce qu’il vient de lui arriver, il tombe dans l’océan.

Tard dans la nuit, Logan fait un cauchemar et Malicia s’approche pour essayer de le réconforter. Paniqué, Logan poignarde la jeune fille qui use alors de ses pouvoirs pour absorber les capacités de guérison du mutant. Logan s’évanouit. Malicia est par la suite surprise d’apprendre de son ami Bobby Drake (Shawn Ashmore) que le professeur est furieux contre elle et ce dernier lui annonce que la majorité des élèves la considère comme dangereuse. Troublée, Malicia fugue encore pendant que Mystique, qui a usurpé l’identité de Drake, reprend discrètement sa forme. À son réveil, Logan apprend la fugue et se lance à la poursuite de Malicia que Xavier localise dans une gare grâce à Cérébro, une machine lui permettant d’étendre son pouvoir. Par la suite, Mystique sabote Cérébro avant de quitter l’école discrètement.

À la gare, Cyclope et Tornade tentent de retrouver Malicia. Le Crapaud s’empare du viseur de Cyclope qui détruit malgré lui une partie du toit du bâtiment à l’aide de ses yeux qui émettent des rafales de force optiques avant de les fermer, tandis que Dents-de-Sabre capture Tornade. Pendant ce temps, Logan retrouve Malicia dans le train quand Magnéto arrive et, grâce à son pouvoir qui lui permet de contrôler le métal, paralyse Logan dont tout le squelette est recouvert d’ adamantium qu’on lui a injecté dans son passé. À sa grande surprise, c’est Malicia qui constitue sa véritable cible. Capturant Malicia, Magnéto, Dents-de-Sabre et le Crapaud sortent de la gare et se retrouvent encerclés par la police. Charles Xavier, arrivé sur les lieux en compagnie de Jean Grey, prend le contrôle des esprits des disciples de Magnéto afin de l’arrêter, mais ce dernier menace de tuer tous les policiers présents en manipulant leurs armes en métal. Xavier, n’ayant plus le choix, cède.

Accostant sur une plage, Kelly se présente au manoir du professeur Xavier pour demander de l’aide. L’étude de son corps révèle que Magnéto en a fait un mutant artificiel. Mais la mutation est instable et Kelly meurt, incapable d’assurer la cohésion de son corps qui se dissout. Jean Grey, télépathe et télékinésiste, a eu le temps d’accéder à ses souvenirs pour deviner le plan de Magnéto. Ce dernier a construit un dispositif pour irradier les chefs d’États réunis à New York et en faire des mutants. L’appareil draine cependant les forces de Magnéto qui survit à peine à l’essai. Il a besoin de Malicia pour qu’elle copie ses pouvoirs et use de la machine à sa place.

Les X-Men ont localisé l’appareil sur Liberty Island, près d’Ellis Island où doit se tenir le sommet international. Xavier tente de neutraliser Magnéto avec Cérébro mais l’appareil trafiqué par Mystique le plonge dans le coma. Le groupe auquel Logan se joint s’envole à bord d’un jet pour neutraliser le mutant et ses disciples sur place. Mystique, prenant l’apparence de Logan, tente de ralentir le groupe mais après un affrontement entre elle et Wolverine, ce dernier la poignarde. Pendant ce temps, le Crapaud donne du fil à retordre aux trois autres jusqu’à ce qu’il finisse électrocuté par la foudre générée par Tornade. Usant du métal en abondance sur la Statue de la Liberté, Magnéto emprisonne les X-Men et force Malicia, à qui il a transféré ses pouvoirs, à actionner sa machine. Logan arrive à se dégager de ses liens et à libérer ses camarades. Grâce à Tornade, il s’attaque à Magnéto, qui n’a aucun mal à le bloquer. Cyclope profite de la baisse de garde de Magnéto pour lui envoyer un tir de rafale dans le dos. Logan parvient avec ses griffes à détruire un composant essentiel de la machine qui échoue à transformer les chefs d’État. Mais Malicia est retrouvée inerte. Logan tente de lui transférer à nouveau son pouvoir de guérison mais n’y arrive pas. La pensant morte, il l’enlace en pleurs. Le pouvoir de la jeune fille agit enfin et Malicia s’éveille mais Wolverine perd connaissance.

Mystique, évanouie, a juste la force de se déguiser en policier pour se faire évacuer par les forces de l’ordre. Magnéto est arrêté et enfermé dans une cellule de plastique où il reçoit la visite de son ancien ami, Charles, et d’où il sait qu’il s’évadera bientôt. Malicia se remet, ayant juste perdu une partie de sa chevelure noire qui est devenue blanche sous l’effet de l’usage de la machine. Logan se voit informé par Xavier d’une piste possible vers son passé et quitte l’école après avoir promis à Malicia de revenir la voir, en profitant au passage pour voler la moto de Cyclope.

Source: Wikipédia