Les X-Men sont à la recherche d’un étrange mutant dénommé Kurt Wagner (Alan Cumming) qui s’est introduit dans le bureau ovale pour tenter d’assassiner le président des États-Unis. L’attentat a rendu l’opinion publique de plus en plus hostile contre les mutants. Alors que le Professeur Xavier (Patrick Stewart) et Cyclope (James Marsden) rendent visite à Magnéto (Ian McKellen) dans sa prison pour savoir s’il est impliqué, Xavier découvre qu’un certain William Stryker (Brian Cox), un militaire qui semble en savoir long sur le passé de Wolverine (Hugh Jackman), a soutiré des informations à Magnéto. Stryker, aidé par son assistante Yuriko Oyama (Kelly Hu), enlève le Professeur Xavier et Cyclope, puis lance un raid sur le manoir de la Fondation Xavier. Il s’empare des plans du Cerebro et de six élèves mutants. Parmi les rescapés, on compte Malicia (Anna Paquin), Pyro (Aaron Stanford), Iceberg (Shawn Ashmore), Kitty Pryde, Colossus (Daniel Cudmore), Wolverine et d’autres élèves qui se sont échappés par les différents couloirs de sortie.

Pendant ce temps, Tornade (Halle Berry) et Jean Grey (Famke Janssen) recherchent et finissent par trouver Kurt Wagner (Diablo), le mutant-terroriste de la Maison-Blanche, dont le pouvoir est de se téléporter.

Mystique (Rebecca Romijn) parvient à faire échapper Magnéto de sa prison pendant que Wolverine, Malicia, Iceberg et Pyro se rendent à Boston pour retrouver Jean et Tornade. Ils font une halte chez les parents d’Iceberg mais le frère de ce dernier les dénonce à la police. Rejoints par Jean et Tornade, les X-Men s’échappent en jet mais sont poursuivis par l’US Air Force et ne doivent leur salut qu’à l’intervention de Magnéto.

Ils font alors alliance avec Magnéto et Mystique pour contrer les plans de Stryker, qui contrôle certains mutants en leur injectant une drogue. Jean Grey lit dans l’esprit de Diablo, qui a été lui aussi sous l’influence de Stryker, et apprend que le militaire a sa base à Alkali Lake où Wolverine s’est rendu auparavant sur les conseils du professeur Xavier afin de trouver des indices sur son passé, mais en vain. Il se trouve que la base est souterraine ; les mutants s’y rendent. Là-bas, Stryker, grâce à son fils Jason (communément appelé le mutant 143), contrôle les pouvoirs du Professeur Xavier et lui commande de tuer tous les mutants de la planète.

Mystique, sous l’apparence de Wolverine, entre dans la base en se faisant capturer. Stryker, soupçonnant un piège, tente de la faire tuer, mais la mutante neutralise facilement quelques gardes et s’enferme dans la salle de commande afin de permettre aux X-Men et à Magnéto d’entrer. Wolverine affronte et tue Yuriko Oyama pendant que Jean Grey libère Cyclope de son contrôle mental, et que Tornade et Diablo libèrent les élèves de l’Institut. Pendant ce temps, le Professeur Xavier, leurré par des illusions créées par Jason, s’emploie à tuer tous les mutants; le Cerebro qui amplifie ses pouvoirs lui permettant de les localiser tous. Une douleur psychique submerge alors les mutants se trouvant dans la base sauf Magnéto, protégé par son casque.

Magnéto retrouve à temps Xavier dans la base militaire et, par Mystique qui prend l’apparence de Stryker pour manipuler Jason, le retourne pour qu’il cible les humains ordinaires. Les X-Men parviennent à arrêter le processus, mais la base commence peu à peu à s’écrouler à cause des fissures provoquées par Cyclope et Jean Grey lors de leur affrontement. Magnéto et Mystique quittent les lieux, après avoir enchaîné Stryker qui tentait de s’enfuir avec son hélicoptère, et emmènent avec eux Pyro, qui s’est rallié à leur cause.

Les X-Men et les six élèves quittent la base d’Alkali Lake à temps avant que celle-ci ne commence à s’écrouler. À la suite du début de l’engloutissement, Jean Grey descend du jet et grâce à ses pouvoirs télékinétiques, fait barrage à l’eau et démarre l’appareil, avant d’être engloutie par les flots. Sa mort affecte fortement Cyclope et Wolverine.

Plus tard, le Président des États-Unis obtient grâce aux X-Men la preuve sur les intentions de Stryker et réalise les avantages d’une paix avec les mutants. Mais, à Alkali Lake, l’ombre d’un phénix apparaît dans le lac.

Source: Wikipédia