Cela fait deux ans que Peter Parker (Tobey Maguire) passe son temps, entre ses cours et ses loisirs, à lutter contre les malfaiteurs sous l’identité de Spider-Man. Mary Jane Watson (Kirsten Dunst) doit bientôt épouser John Jameson (Daniel Gillies), le fils de J. Jonah Jameson (J. K. Simmons) le rédacteur en chef du Daily Bugle. De son côté, Harry Osborn (James Franco) cherche toujours à se venger de l’homme-araignée qu’il tient pour responsable de la mort de son père, Norman Osborn (Willem Dafoe). Peter ne parvient pas à retrouver un équilibre de vie : il arrive en retard à presque tous ses cours et a du mal à gagner quelques dollars pour payer son loyer.

Dans le cadre d’un projet financé par Oscorp, Harry invite Peter à rencontrer le docteur Otto Octavius (Alfred Molina) qui, persuadé d’avoir découvert une source d’énergie aussi puissante et renouvelable à volonté, semblable au soleil, a mis au point des bras mécaniques intelligents qui permettent de manipuler à distance la fusion. Quelques jours plus tard, Octavius présente son invention à plusieurs personnes, dont Peter et Harry. Mais l’expérience tourne au désastre et Rosie, la femme d’Octavius, meurt tandis que ce dernier reçoit une décharge électrique, subit une fusion de ses bras avec son corps et perd connaissance. Spider-Man arrive à stopper la catastrophe de justesse, sauve la vie de Harry mais celui-ci est désormais ruiné à la suite de l’échec d’Octavius. Il se met à boire et élabore un plan pour se venger de Spider-Man, qui, selon lui, l’a humilié en le sauvant.

Alors qu’Octavius doit être opéré afin que ses bras mécaniques lui soient retirés, il tue involontairement les chirurgiens et s’échappe de l’hôpital. Désormais contrôlé mentalement par les bras, il décide de tout mettre en œuvre pour améliorer sa création. Il se rend à une banque accomplir un casse, alors que tante May (Rosemary Harris) et Peter sont en rendez-vous dans cette même banque. Ayant enfilé son costume de Spider-Man, Peter combat Octopus, qui enlève tante May. Peter la sauve de justesse, mais Octopus parvient à s’enfuir.

Mais Peter, par lassitude vis-à-vis de son rôle de Spider-Man, perd momentanément à plusieurs reprises ses pouvoirs. Après avoir déçu Mary-Jane pour avoir une fois de plus manqué sa pièce, et subi la colère de Harry le soupçonnant de couvrir celui qu’il tient pour responsable de la mort de son père, il découvre également que Mary-Jane est sur le point de se marier avec le fils de Jameson. Perdu, se rendant compte que ses pouvoirs semblent disparaitre et fatigué de voir sa vie échouer à cause de Spider-Man, Peter décide d’arrêter d’être un super-héros et jette son costume dans une poubelle. Dès lors, Peter redevient un élève studieux et parvient à retrouver un équilibre de vie correct et tente de rattraper le temps perdu avec Mary-Jane pourtant déjà fiancée. Il éprouve d’ailleurs le besoin d’avouer à sa tante May de lui faire part du lourd secret qui le hante. Il raconte tout ce qui s’est passé exactement le soir du meurtre de l’Oncle Ben, et pourquoi sa responsabilité est engagée dans le meurtre.

Plus tard, Tante May félicite son neveu de lui avoir avoué la vérité et sa faute. Après avoir pris conscience de l’affection que nombre de personnes portent à Spider-Man, et après ne pas avoir pu sauver tout le monde dans un incendie (il est parvenu à sauver au péril de sa vie une petite fille sans ses pouvoirs), Peter commence à remettre son choix en cause d’avoir abandonné son rôle de super-héros. Pendant ce temps, Octavius et Harry passent un accord, le premier voulant du Tritium ; un élément manquant pour son projet que seul Oscorp détient, le second voulant que Spider-Man lui soit livré vivant.

Alors que Mary Jane invite Peter à boire un verre afin de lui parler de leur relation, elle est enlevée en plein rendez-vous par le docteur Octopus qui veut mettre la main sur Spider-Man. Ayant retrouvé pleinement ses pouvoirs, Peter reprend en douce son costume à Jameson et part sauver MJ. Un violent combat contre Octopus s’engage sur un train, mais celui-ci finit par s’échapper et laisse Peter arrêter le train qu’il a rendu incontrôlable. Ayant dû enlever son masque, de nombreux passagers découvrent son visage mais, reconnaissants et heureux de le retrouver, jurent de n’en parler à personne et lui rendent le masque. Octopus revient brusquement, assomme Spider-Man, l’emmène et le livre à Harry.

Ce dernier retire le masque de Spider-Man et découvre avec effarement qu’il s’agit de Peter. Après avoir pu convaincre Harry de dire où se trouve Octopus et apprenant sa volonté de réitérer l’expérience dramatique du début du film, Peter va à l’entrepôt délabré, affronte Octopus et sauve MJ ; elle découvre à son tour que Peter est Spider-Man. Peter parvient à raisonner Octavius sur la folie de son expérience, qui évolue de la même manière que la première fois, menaçant maintenant la ville de New-York. Ce dernier reprend le contrôle de ses bras et se sacrifie en noyant la source d’énergie incontrôlable dans le fleuve. Peter avoue alors à Mary Jane ses sentiments mais lui dit qu’ils ne pourront jamais être ensemble car son rôle de justicier passera toujours avant elle.

Pendant ce temps, Harry est chez lui et a des hallucinations de son défunt père lui disant de se venger. Pris de folie, Harry lance la dague qu’il tenait dans le miroir de son salon, découvrant le laboratoire caché de son père truffé de techniques de pointe… et son costume de Bouffon Vert.

Le lendemain, Mary Jane doit se marier mais finalement renonce au dernier moment. Elle va chez Peter et lui dit qu’elle est prête à accepter son rôle de justicier, qu’elle l’aime et que c’est désormais son tour de veiller sur lui. Peter et MJ finissent par s’embrasser. Une sirène de police retentit alors ; Peter enfile sa tenue et laisse Mary-Jane pensive.

Source: Wikipédia