Le docteur Daniel Jackson (James Spader) est rejeté par la communauté des autres égyptologues en raison de ses théories controversées sur la fonction des pyramides d’Égypte qui seraient des lieux d’atterrissage de vaisseaux spatiaux. Cependant, à la sortie d’une conférence, il est recruté par Catherine Langford (Viveca Lindfors) pour travailler sur un projet secret de l’armée américaine.
Ils découvrent sur place une ville appelée Nagada dont les habitants sont esclaves de Râ (Jaye Davidson) et travaillent dans ses mines. L’équipe d’exploration est très bien accueillie par la population qui les considère comme des représentants de leur dieu en raison du collier avec le symbole de Râ que porte Jackson. Cependant la position de l’équipe va se compliquer, quand Râ fait atterrir son vaisseau sur la planète et décide d’éliminer les terriens qui encouragent le peuple à se soulever. La situation s’envenime encore un peu plus lorsque Râ récupère la bombe atomique apportée par l’équipe et en augmente la puissance pour la renvoyer sur Terre. Après un long combat, O’Neil réussit à renvoyer la bombe grâce aux anneaux de transport sur le vaisseau de Râ qui est en train de prendre la fuite. Le vaisseau est détruit en orbite de la planète.
Finalement, la porte des étoiles est rouverte pour permettre aux survivants de l’équipe de retourner sur Terre. Daniel décide néanmoins de rester sur Abydos avec sa nouvelle femme Sha’uri (Mili Avital), une habitante de la planète.
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