Lors d’une expédition, un vaisseau spatial de la Life Foundation retourne sur Terre avec à son bord quatre échantillons de symbiotes extraterrestres. Mais durant l’entrée dans l’atmosphère terrestre, le vaisseau connaît une avarie et s’écrase dans l’est de la Malaisie. Depuis son immense complexe à San Francisco, le savant Carlton Drake, puissant et mystérieux PDG de la fondation, gère les opérations. Il parvient à faire rapatrier trois des quatre échantillons. Le quatrième s’est enfui en prenant possession d’un corps.
À San Francisco, le journaliste Eddie Brock (Tom Hardy) est chargé d’interviewer Carlton Drake (Riz Ahmed), après de nombreuses rumeurs prétendant que la Life Foundation utilise des cobayes humains. Eddie trouve des éléments dans les dossiers de sa fiancée, Anne Weying (Michelle Williams), avocate dont le cabinet collabore étroitement avec la Life Foundation. Mais en accusant publiquement Drake de tuer ses cobayes sans apporter de preuve formelle, il est renvoyé de son journal et perd en même temps sa fiancée et son appartement.
Six mois plus tard, Eddie vit de petits boulots et habite dans un appartement miteux.
Pendant ce temps, Drake conduit des expériences d’union entre les symbiotes et des hôtes animaux, puis humains, entraînant la mort de ses cobayes. Choquée, l’une de ses collaboratrices contacte Eddie et le fait pénétrer dans le laboratoire. Le journaliste est infecté par l’un des symbiotes qui va petit à petit prendre le contrôle de son corps et de son esprit.
Poursuivi par les hommes de main de Drake, Eddie comprend qu’un être extraterrestre portant le nom de Venom a pris le contrôle de son corps. Cet être, qui dialogue avec lui, possède une force gigantesque et peut transformer son corps pour résister aux balles, créer différents projectiles ou escalader des gratte-ciels. Venom est très souvent affamé et il lui arrive de dévorer ses poursuivants.
Peu à peu Eddie et Venom apprennent à cohabiter et Venom, qui voulait au départ utiliser une fusée de Drake pour aller chercher ses congénères, décide de rester sur Terre.
Tous deux combattent finalement Drake, désormais habité par Riot, le symbiote qui s’était échappé en Malaisie, les deux symbiotes restant dans le laboratoire étant morts. Tandis que Drake et Riot tentent de s’enfuir à bord d’une fusée pour aller chercher le peuple de symbiotes qui fusionnera avec l’humanité, Venom dans le corps d’Eddie, aidé de la fiancée de celui-ci, réussit à les arrêter en les faisant périr dans l’explosion de la fusée.
Quelques jours plus tard, Eddie récupère son travail de journaliste après d’avoir montré les preuves relatives à Drake. Il annonce à Venom qu’il ne devra faire désormais du mal qu’aux méchants. Alors qu’ils font les courses dans une épicerie, Venom tue un racketteur qu’Eddie avait laissé échapper avant d’acquérir ses pouvoirs. Le film se termine lorsque Venom dit à Eddie qu’ils peuvent faire tout ce qu’ils veulent.
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