Alors que Jean-Louis Schlesser (Jean-Louis Schlesser) et son copilote Henri Magne (Henri Magne) sont en course, Daniel (Samy Naceri) arrive derrière avec son taxi et essaie de les doubler. En effet, il doit transporter au plus vite une femme enceinte prise de violentes contractions. Après les avoir dépassés, il arrive à la clinique, mais la femme est déjà en train d’accoucher et Daniel doit patienter sur place encore quelque temps. Sa copine Lily (Marion Cotillard) fait une crise de jalousie, entendant les cris de la femme par téléphone. Elle prie Daniel de ne pas être en retard car elle a décidé de le présenter à ses parents. Pendant ce temps, Émilien (Frédéric Diefenthal), après avoir encastré la voiture de l’auto-école une nouvelle fois, obtient tout de même son permis de conduire, l’examinateur étant lassé de le voir échouer encore, encore et encore.
À la police de Marseille, c’est cours de judo. Émilien affronte Petra (Emma Sjöberg) et se fait battre à chaque fois. Soudain, le commissaire Gibert (Bernard Farcy) les convoque dans son bureau et les informe que le ministre de la Défense japonais (Hirata Haruhiko), qu’il appelle le « Niak », sera accueilli à Marseille pour voir la protection anti-gang de la ville, avant d’aller à la capitale pour signer des contrats avec la France à l’Élysée, le lendemain du 14 juillet. Il organise une opération (appelée « Opération Ninja ») dans le but d’impressionner le ministre lors d’une escorte dans la ville, avec de fausses attaques.
Daniel, qui déteste les policiers et les militaires, rencontre les parents de Lily, le général Bertineau (Jean-Christophe Bouvet) et sa femme (Frédérique Tirmont). Il se fait passer pour un étudiant en médecine, pour cacher sa situation de chauffeur de taxi. Afin de ne pas le froisser, Daniel fait semblant de s’intéresser aux récits animés de Bertineau, vétéran de la Guerre d’Algérie. En plein déjeuner, Bertineau se rend compte après un appel qu’il a oublié de se rendre à l’atterrissage du ministre de la défense. Cependant, sa voiture a un accident et il doit se rendre à l’aéroport de Marignane dans les 15 minutes. Daniel se dévoue donc pour l’amener dans les temps avec son taxi. Mais arrivés près de l’aéroport, l’avion est déjà en train d’atterrir : Daniel emprunte donc un raccourci et après avoir sauté les grillages avec son taxi modifié, il arrive sur le tarmac et amène le général accueillir le ministre sur place.
Cependant, des Yakuzas observent de loin la rencontre et mettent en place un plan pour kidnapper le ministre. Ils utilisent donc des outils de haute technologie pour écouter les conversations de la police et connaître le parcours du cortège. Ils se lancent donc avec leurs voitures Mitsubishi Lancer Evolution 6.
Pendant le cocktail de bienvenue, Émilien va voir Daniel, car le général Bertineau l’invite. Réticent à participer à un cocktail entouré de policiers et de militaires, Daniel finit par accepter car il ne doit pas fâcher son futur beau-père. Il reçoit une faveur de ce dernier pour l’avoir amené à l’aéroport dans les temps. Pendant ce temps, l’Opération Ninja commence : Gibert essaie de faire boire le ministre pour qu’il soit moins réactif, et une voiture, la Cobra (qui est une Peugeot 605 modifiée et blindée) est présentée : c’est dans cette voiture que le ministre prendra place. Mais lors de la présentation, une erreur de manipulation fait gonfler tous les airbags et asphyxie le chauffeur. Bertineau conseille donc au ministre français (Marc Faure) de laisser la conduite à Daniel.
Daniel assume donc son rôle de chauffeur et suit l’opération à la lettre. Il en profite pour dresser un portrait peu élogieux de la police à l’interprète japonais. Alors que les attaques bidons de la police suivent leur cours, et impressionnent le ministre japonais, les Yakuzas décident de passer à l’action : ils arrivent à piéger la Cobra, découpent le toit et le kidnappent avec un long dispositif éjectable. Dans le même temps, Petra, qui était avec Émilien dans un bâtiment désaffecté à proximité, est aussi capturée par des ninjas alors qu’elle était aux toilettes. Émilien, qui venait de lui avouer son amour, décide donc de poursuivre les ninjas, qui l’envoient au tapis, comme trois autres policiers battus à plate-couture.
La police scientifique mettant trop de temps à agir, Émilien demande à Daniel son expertise : ayant reconnu les voitures, et grâce à l’odeur de poisson des traces de pneus, il pense que les Yakuzas auraient installé une base dans le port. Une opération est alors organisée pour attraper les malfaiteurs, mais une nouvelle fois, l’opération est un échec, les Yakuzas étant déjà partis vers Paris. De plus, Gibert, à cause d’une erreur d’Émilien, se retrouve paralysé à la suite d’une chute et est donc conduit à l’hôpital en ambulance. Il avait demandé a Émilien de faire un nœud de corde afin de l’assurer, ce qui a été fait, mais celui-ci s’est trompé de corde.
Daniel et Émilien sont à l’hôpital en attendant la guérison de Gibert quand Yuli (Tsuyu Shimizu), une agent de la police japonaise, garde du corps du ministre, les informe de la situation : les Yakuzas, dirigés depuis le Japon par le très conservateur Yuke Tsumoto (Yoshi Oida), ont pour intention d’hypnotiser le ministre afin qu’il fasse un attentat à Paris lors du défilé du 14 juillet pour provoquer un incident diplomatique et rompre tous les contrats pour au moins 10 ans. Daniel use donc de ses relations avec Pizza Joe pour connaître la planque des Yakuzas à Paris, et utilise sa faveur pour demander à Bertineau de l’aider pour les emmener à Paris avec un avion de l’armée. Le taxi est parachuté dans les rues de la capitale.
Ils se rendent donc au repaire des Yakuzas (un immeuble en construction) pour sauver le ministre et Petra. Émilien décide d’utiliser l’oreillette que Petra avait mis lors de l’Opération Ninja, pour communiquer avec elle, et ainsi semer le trouble dans la séance d’hypnose. Le policier s’infiltre ensuite et parvient à libérer Petra, puis cette dernière et Yuli se débarrassent des deux hypnotiseurs et de trois malfrats masqués avec des techniques de karaté. Émilien se rend compte que le pistolet qu’il pointait sur les ninjas était déchargé : Petra avait peur qu’il se blesse, tellement il est maladroit.
Une fois le ministre et Petra récupérés, le taxi est vite pourchassé par les trois Mitsubishi des Yakuzas dans les rues de Paris. Ne pouvant pas s’en débarrasser seul, Daniel décide d’abord de provoquer la police de Paris dans le but de gêner ceux-ci. Mais rapidement, les policiers sont pris au piège par les Japonais et provoquent un gigantesque carambolage, laissant de nouveau le taxi seul.
Daniel demande donc au général Bertineau d’user de ses relations militaires pour tendre un piège aux Yakuzas : des tanks doivent bloquer la sortie du tunnel à la porte Dauphine. Les militaires arrivent juste à temps, et Daniel parvient, avec les ailes de son taxi, à survoler les tanks, de la même manière qu’à l’aéroport de Marignane. Les Yakuzas sont pris au piège et sont arrêtés. Daniel se voit alors proposer un poste de chauffeur au Japon, mais il refuse. Aussi, devant déposer le ministre au niveau de la tribune présidentielle, le taxi se retrouve malgré lui dans le défilé militaire, à la grande surprise de Lily, du commissaire Gibert (toujours dans son lit d’hôpital) ou encore du président Chirac.
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