Double-Face l’alter ego maléfique de l’ancien procureur Harvey Dent (Tommy Lee Jones) détient des otages dans un coffre de banque à Gotham City. Batman (Val Kilmer) arrive sur les lieux et parle avec le commissaire James Gordon (Pat Hingle) quand ils sont interrompus par le D^r Chase Meridian (Nicole Kidman), qui a un faible pour Batman. Celui-ci sauve alors les otages, mais est incapable de déjouer le vol.

Edward Nygma (Jim Carrey), travailleur humble de Wayne Enterprises, effectue des recherches non autorisées sur le contrôle du cerveau humain. Il a inventé un objet qui manipule les ondes cérébrales des gens par le biais des transferts de programmes de télévision directement dans leur esprit, ce qui leur donne l’impression qu’ils se trouvent « à l’intérieur du spectacle ». Quand Bruce Wayne arrive sur les lieux, Edward lui présente son invention et lui montre comment cela fonctionne. Cependant, quand il demande une réponse à son idée, Bruce lui rétorque que « cela soulève de trop nombreuses questions », car la manipulation des ondes cérébrales est dangereuse. Nygma proteste, mais Fred Stickley (Ed Begley Jr.), un supérieur, lui dit qu’ils régleront cela plus tard. Devenu fou que tout son travail soit anéanti, Edward capture Stickley et démontre les capacités de son invention sur ce dernier et, ce faisant, il lui vole ses ondes cérébrales pour augmenter sa propre intelligence et littéralement déjouer Bruce. Nygma tue alors Stickley en le jetant de la tour Wayne et sabote les enregistrements de sécurité, faisant passer la mort de Stickley pour un suicide. Il laisse alors une énigme dans le bureau de Bruce.

Plus tard, Wayne et le D^r Meridian assistent à une représentation au cirque, durant laquelle les Flying Graysons donnent un numéro de trapèze sans filet. C’est l’occasion pour Double-Face de se montrer avec un plan machiavélique pour attirer Batman et savoir son identité secrète. Les vedettes du trapèze chutent à cause de Double-Face et le jeune Dick Grayson (Chris O’Donnell) assiste, impuissant, à ce drame. Bruce Wayne décide alors de le ramener au Manoir Wayne. De son côté Edward Nygma adopte l’identité de l’Homme-Mystère. Il rend ensuite visite à Double-Face pour lui proposer un marché : il est prêt à l’aider à détruire Batman si Double Face l’aide à voler suffisamment d’argent pour fabriquer des centaines d’exemplaires de son invention et les mettre sur toutes les télévisions de la ville afin de voler la matière grise de tous les habitants de Gotham. Double-Face accepte, et le nouveau duo criminel se met à commettre des vols dans tout Gotham. Alors que Bruce continue de recevoir des énigmes, Nygma, avec l’argent volé avec Double-Face, crée une société du nom de NygmaTech afin de vendre son invention à Gotham afin d’accomplir son plan. Dick Grayson découvre le secret de Bruce et souhaite devenir son équipier afin de se venger de Double-Face, mais Bruce refuse.

Nygma donne un gala pour célébrer l’inauguration d’une amélioration à son invention qui permet de décrypter l’esprit humain, et s’en sert sur Bruce. Mais Double-Face (qui ne fait plus confiance à Edward Nygma) attaque le gala afin d’attirer et piéger Batman. ce dernier s’en sort avec l’aide de Dick habillé en Robin, mais refuse toujours d’en faire son coéquipier. Grâce à sa machine de décryptage, l’Homme-Mystère a découvert le secret de Bruce et attaque son manoir avec Double-Face, détruisant la Batcave, blessant Bruce et kidnappant le D^r Meridian, tout en laissant une nouvelle énigme sur leur passage. Bruce, après s’être réveillé, cherche la cachette de l’Homme-Mystère, persuadé que toutes les énigmes sont liées et le mèneront à lui. Après avoir analysé les énigmes, Bruce découvre que la solution est « Edward Nygma » : ayant découvert la véritable identité de l’Homme-Mystère, il sait également où le trouver : sur l’île métallique où se trouve le siège social de la NygmaTech.

Dick, qui a amélioré son costume de Robin avec l’aide d’Alfred (Michael Gough), finit par avoir l’approbation de Bruce pour devenir son coéquipier, et le duo de héros se met en route pour la cachette de l’Homme-Mystère. Après avoir évité les pièges placés par Nygma, ils arrivent sur l’île et se séparent. Robin croise Double-Face et le bat : il veut le tuer pour venger ses parents, mais finalement décide de le capturer avant de se faire jouer par Double-Face, qui l’amène à l’Homme-Mystère.

Batman retrouve l’Homme-Mystère et le confronte. Ce dernier, qui détient désormais le D^r Meridian et Robin, met Batman face à un dilemme : sauver l’amour de Bruce ou le jeune équipier du chevalier noir. À l’aide d’un batarang, Batman détruit le réservoir contenant la matière grise des habitants de Gotham, détruisant le repaire de l’Homme-Mystère par la même occasion, ce qui aura pour conséquence la fuite de Double face et l’absorption par l’Homme-Mystère de l’intelligence de tous les utilisateurs de la boîte d’un seul coup. Ce dernier, bien que choqué, parvient quand même à mettre le docteur et Robin face à un piège mortel dont Batman parvient à les extirper.

Double-Face les retrouve et tente de tuer Batman, mais ce dernier lui rappelle que, conformément à son habitude, il doit tirer à pile ou face pour décider du sort de sa victime. Alors que Double-Face jette sa pièce en l’air, Batman, se rappelant du conseil de Chase à propos de la faiblesse de Double-Face durant leur conversation près du Bat-Signal, jette d’autres pièces, ce qui empêche Double-Face de savoir quelle pièce est la sienne. Confus, ce dernier perd l’équilibre et fait une chute mortelle dans le bassin en bas du bâtiment. L’Homme-Mystère, neutralisé et souffrant, est placé à l’asile d’Arkham, où il est persuadé d’être Batman. Bruce continue quant à lui ses activités de justicier, avec désormais Robin à ses côtés.

Source: Wikipédia