2233. Le USS Kelvin est le témoin d’un étrange phénomène, un gigantesque vaisseau inconnu (le Narada) surgissant d’un trou noir. Le vaisseau de la fédération est rapidement mis hors de combat et le capitaine du Narada, Néro (Eric Bana), demande au capitaine du Kelvin, Robau (Faran Tahir), de se rendre sur la passerelle ennemie. Robau est interrogé par le second du capitaine romulien. Irrité par la date stellaire donnée par Robau, Néro tue ce dernier. Devenu capitaine du Kelvin, George Kirk (Chris Hemsworth) ordonne l’évacuation du vaisseau. Sa femme (Jennifer Morrison), évacuée dans une navette, donne prématurément le jour à James T. Kirk (Chris Pine). L’équipage mis en sécurité, le nouveau capitaine jette le Kelvin sur le Narada mais la défaillance du pilotage automatique l’oblige à rester sur place pour couvrir la fuite des survivants.

2255, James T. Kirk, privé de son père, est devenu un adolescent rebelle, rétif à toute forme d’autorité. Le capitaine Pike (Bruce Greenwood) l’incite à s’engager dans Starfleet. James accepte, se donnant pour défi de boucler le programme en trois ans au lieu de quatre. Il y rencontre rapidement Leonard McCoy (Karl Urban), jeune médecin soucieux d’échapper à ses dettes et à son ex-femme en s’engageant lui aussi dans Starfleet.

Trois ans plus tard, à l’issue de sa formation, Kirk réussit le test du Kobayashi Maru en truquant les logiciels, ce pour rétablir un équilibre selon lui faussé par Spock (Zachary Quinto), qui a conçu le test. Kirk passe en conseil de discipline pour ce fait mais l’agression de Vulcain par un vaisseau inconnu alors que la majeure partie de la flotte est occupée sur un autre front force l’Académie à envoyer ses cadets en mission. James est cependant suspendu et ne part sur l’Enterprise que grâce à une manœuvre de McCoy. Il décèle un piège grâce à des informations recoupées avec des paroles de la traductrice Nyota Uhura (Zoe Saldana) et arrive à convaincre Pike qui active les boucliers et met le vaisseau en alerte rouge. À leur arrivée, les autres navires de la Fédération ont été détruits par le vaisseau inconnu qui n’est autre que le Narada, occupé à forer un gigantesque puits dans la croûte de Vulcain. L’Enterprise est cependant victime des tirs romuliens et Pike doit se livrer à Néro, non sans donner l’ordre à Kirk et à Sulu (John Cho) de détruire le foreur laser.

La mission est accomplie mais hélas trop tard. Néro a foré Vulcain jusqu’au noyau et y précipite un missile chargé d’une étrange matière rouge. La planète est alors prise de violents soubresauts et Spock comprend qu’il doit sauver les patriarches de son monde afin de préserver la civilisation vulcaine. L’évacuation réussit mais Spock perd sa mère, victime d’un effondrement rocheux qui l’arrache au faisceau de téléportation. Peu après, Vulcain s’effondre sur elle-même, dévorée par un trou noir généré en son sein par la matière rouge.

Spock devine que Néro vient du futur, car d’après sa théorie, la création d’un trou noir peut être utilisée pour créer un tunnel à travers l’espace-temps. Kirk et Spock s’affrontent alors sur la suite à donner aux événements. Kirk veut poursuivre Néro qui a mis le cap sur la Terre, mais Spock argue que leur vaisseau seul ne suffira pas contre une telle force de frappe, et qu’ils doivent en premier rejoindre la flotte. Spock, alors capitaine du vaisseau, use de sa prérogative pour expulser Kirk de l’Enterprise et l’expédie vers une planète gelée (Delta Vega) du système de Vulcain où il sait que le turbulent cadet trouvera un avant-poste de la fédération pour en repartir plus tard. Kirk sort de sa capsule au mépris de toute prudence et se voit pourchassé par de féroces carnassiers locaux. Acculé dans une caverne de glace, Kirk est sauvé par un vieux Vulcain qui se révèle être un Spock vieillissant (Leonard Nimoy).

Ce dernier use de la fusion mentale pour informer Kirk de ce qui s’est passé. En 2387 (8 ans après les événements contés dans Star Trek : Nemesis), un soleil se transforma en supernova et menaça la Galaxie. Spock, qui était ambassadeur de Vulcain sur Romulus, promit aux Romuliens de sauver leur planète. L’Académie des Sciences de Vulcain équipa alors son meilleur vaisseau avec de la matière rouge, et dont Spock serait le pilote. Grâce à cette matière, Spock allait créer un trou noir pour absorber le trop plein d’énergie.

Il était cependant trop tard, et la supernova détruisit Romulus. Il avait peu de temps avant qu’elle ne détruise aussi son vaisseau. Il éjecta de la matière rouge dans la supernova et ce fut un succès. C’est sur la route du retour qu’il fut intercepté par un vaisseau de forage romulien, le Narada. Alors que Spock tentait de s’échapper, son vaisseau et celui de Néro furent aspirés par le trou noir. Ils furent renvoyés vers le passé, à des dates différentes. Néro arriva 25 ans avant Spock. Néro, patient, attendit et finit par capturer Spock, qu’il jugea responsable de la fin de Romulus et l’exila sur Delta Vega afin qu’il assiste impuissant à la fin de Vulcain.

Spock accepte de conduire Kirk à l’avant-poste (à la condition que ce dernier ne dise rien de tout cela à son équivalent plus jeune) où ils rencontrent Scotty, alors affecté à la surveillance d’une station radar désuète en pénitence d’une expérience ratée. Spock et Kirk livrent à Scotty les formules qu’il aurait de toute façon découvertes plus tard afin de l’aider à se téléporter avec Kirk sur l’Enterprise, alors en distorsion. Une fois à bord, Kirk use des arguments du vieux Spock pour contraindre le jeune Spock à quitter son poste après l’avoir affaibli émotionnellement. Kirk, qui avait été fait second officier par Pike, prend les commandes de l’Enterprise et met le cap sur la Terre où Néro a commencé à forer la croûte.

Avec l’aide de Sulu et de Chekov, Kirk met une stratégie au point qu’il met en branle, aidé par le jeune Spock qui a fini par se ressaisir. Le plan consiste à se téléporter en cachette sur le Narada et pendant que Kirk ira chercher Pike, toujours prisonnier, Spock prendra possession du vaisseau de son équivalent plus vieux afin de détruire le Narada.

Malgré quelques accrocs, le plan réussit. Furieux, Néro poursuit Spock alors en vitesse de distorsion. Ce dernier jette alors son vaisseau, toujours empli de matière rouge, sur le Narada alors qu’il est téléporté, de même que Kirk et Pike. Le trou noir généré avale et détruit le Narada. Néro refuse jusqu’au bout l’aide de Kirk, qui n’insiste pas beaucoup.

Grâce à l’expulsion du dilithium contenu dans les nacelles de distorsion de l’Enterprise et l’explosion ainsi provoquée, une onde de choc permet à l’Enterprise de se dégager de l’attraction gravitationnelle du trou noir.

Une fois l’Enterprise sorti du champ d’attraction du trou noir, le vaisseau regagne la Terre où le jeune Spock surprend son équivalent plus âgé. Ce dernier n’est pas surpris, car l’ordinateur du vaisseau vulcain l’a informé des événements passés. Le vieux Spock enjoint alors son jeune double de rester au sein de Starfleet, où il sait que son influence sera bénéfique sur Kirk, de même que l’influence de Kirk lui sera bénéfique, tandis que lui gagne une lointaine planète, où les survivants de Vulcain ont fondé une colonie pour perpétuer leur civilisation.

Kirk est nommé capitaine de l’Enterprise à la place de Pike et part avec Spock nommé officier en second pour la première mission de l’Enterprise.

Source: Wikipédia