Quatre ans après le sort lancé par le Docteur Strange ayant effacé du monde entier le souvenir de son identité, Peter Parker (Tom Holland) poursuit sa double vie en tant que Spider-Man. Toujours en activité à New York, il a vaincu plusieurs criminels, parmi lesquels Mac Gargan alias le Scorpion (Michael Mando), Tombstone (Marvin Jones III) et les ninjas de la Main. Il collabore désormais avec l’inspectrice Jean DeWolff (Liza Colón-Zayas) pour maintenir l’ordre dans la ville et a également développé une intelligence artificielle, EV (Naomi Watts), afin de l’assister dans ses activités. Malgré cela, Peter vit difficilement son anonymat et sa solitude, condamné à voir son ancienne petite amie MJ (Zendaya) et son meilleur ami Ned Leeds (Jacob Batalon) poursuivre leur vie sans se souvenir de lui.

Au cours d’une intervention visant à stopper des véhicules blindés fonçant vers une prison du Département du Damage Control impliquant Frank Castle (Jon Bernthal), Peter découvre qu’une mystérieuse force télépathique prend le contrôle des individus en passant d’un esprit à un autre. Celle-ci orchestre le transfert de Gargan vers un autre endroit avant de tenter, sans succès, de prendre possession de Peter, qui semble immunisé à son influence. Avant de disparaître, l’entité provoque l’explosion du dernier blindé.

Afin de comprendre cette menace, Peter demande des informations auprès de Yelena Belova (Florence Pugh), désormais à la tête des Nouveaux Avengers. Elle lui révèle que quelqu’un a piraté les serveurs protégés du Damage Control grâce aux identifiants d’une trentaine d’employés et qu’il avaient tous cherchés la même chose, un élément nommé « V-Max ».

Peter est ensuite reçu par le directeur du Damage Control, Bill Metzger (Tramell Tillman), qui lui présente les installations du département, ses technologies récupérées auprès d’anciens super-vilains ainsi que les ninjas de la Main, désormais employés par le département. Metzger explique que le contenu de leur chambre forte ne doit en aucun cas tomber entre les mains du télépathe et sollicite l’aide de Peter, qui est le seul qui semble être immunisé contre le télépathe.

Peu après, Peter retrouve Ned dans une boutique, le suit, et rejoint une soirée où se trouve également MJ. Les deux ne le reconnaissent pas et MJ est désormais en couple avec un autre homme. Profondément affecté, Peter subit une mutation de son ADN arachnéen, renforçant sa force, son sens d’araignée et lui permettant désormais de produire des toiles organiques. Il peine toutefois à contrôler cette transformation. Lorsque Gargan (Michael Mando), sous l’emprise du télépathe, attaque de nouveau, la mutation de Peter prend le dessus et manque de le pousser à tuer son adversaire. Troublé par cette perte de contrôle, Peter consulte Bruce Banner (Mark Ruffalo), devenu professeur à l’Empire State University. Inspiré par la technologie permettant à Banner de contrôler Hulk, Peter met au point une puce inhibitrice destinée à limiter sa propre mutation.

Le télépathe reprend contact avec Peter en utilisant plusieurs passants comme intermédiaires. Elle lui révèle connaître sa véritable identité et menace directement MJ. Grâce à une analyse de EV, Peter comprend que son pouvoir de contrôle mental ne fonctionne qu’à une distance limitée de dix mètres. Il décide alors de protéger MJ en restant à ses côtés. Cette dernière commence à soupçonner que Spider-Man est une personne qu’elle connaissait autrefois. Après l’avoir embrassée, elle semble retrouver quelques souvenirs, mais il s’agit en réalité d’un piège orchestré par le télépathe, qui contrôle MJ et qui la fait sauter dans le vide. Peter la sauve d’une chute mortelle et découvre grâce à EV le visage de son ennemi, une adolescente dont l’identité est inconnue.

Peter met MJ à l’abri dans le refuge de Frank. Avec l’aide d’EV, ils découvrent que l’identité de la télépathe est Jean Grey (Sadie Sink). Pendant ce temps, le Damage Control est attaqué. Jean a pris le contrôle de Banner sous une forme encore plus sauvage de Hulk. Rejoint par Frank, Peter affronte le géant. Après avoir pris le contrôle de Frank, Jean utilise ses armes pour faire exploser la porte de la chambre forte. Après un long combat, Peter parvient apaiser Hulk et à utiliser sa puce inhibitrice pour neutraliser temporairement les pouvoirs de Jean, qui prononce le nom « Sara » avant de perdre connaissance. Metzger (Tramell Tillman) laisse entendre que ce nom est lié à son passé, lorsque Jean a pénétré dans son esprit.

Peter révèle ensuite sa véritable identité à MJ (Zendaya) après qu’elle a retrouvé une lettre dans laquelle il comptait lui expliquer leur histoire. Bien qu’elle ne partage plus les sentiments qu’elle éprouvait autrefois, elle le remercie pour tout ce qu’il a fait avant que leurs souvenirs ne soient effacés. Plus tard, Peter, en tant que Spider-Man et MJ retrouvent Ned et le trio sympathise. MJ confie que, lorsqu’elle était sous le contrôle de Jean, elle n’avait aucun souvenir de ce qui se passait. Elle se rappelait uniquement de l’instant précédant immédiatement la prise de contrôle et de celui qui suivait lorsqu’elle retrouvait ses esprits. Peter comprend alors que Metzger lui a menti.

Un flashback révèle que Sara (Olivia Booth-Ford) est la sœur de Jean (Sadie Sink). Elle possédait également des pouvoirs psychiques avant d’être capturée par le Damage Control. Depuis, Jean n’a jamais cessé de la rechercher. Peter découvre finalement que Jean est détenue dans une prison secrète où Metzger mène une expérience destinée à dupliquer ses pouvoirs et à les implanter dans l’esprit d’autres personnes. Lors de l’expérience, Jean comprend que V-Max est en réalité le nom à moitié effacé de la marque du système d’aération de la cellule dans laquelle elle est enfermée. Jean était parvenu à communiquer à distance avec Sara lorsque celle-ci était en détention dans la même cellule, expliquant pourquoi Jean avait ce mot en tête. Elle comprend alors que Metzger a en réalité tué Sara lors d’une précédente expérience.

Folle de rage, Jean libère l’immensité de ses pouvoirs, révélant des capacités télékinétiques. Une immense vague psychique paralyse une partie de New York tandis qu’elle prend Metzger en otage, menaçant de le tuer. Peter s’introduit dans la prison mais doit affronter les ninjas de la Main, désormais sous le contrôle de Jean. Cette dernière tente de convaincre Peter que les êtres dotés de pouvoirs seront toujours rejetés par l’humanité. Peter parvient à concilier sa nouvelle mutation et lui-même et parvient à vaincre les ninjas.

Alors qu’il tente de raisonner Jean, cette dernière parvient à infiltrer son esprit et revit un souvenir de Peter avec sa tante May (Marisa Tomei), juste après que celle-ci ai découvert ses pouvoirs. Se mettant à la place de Peter, Jean écoute les conseils de May au sujet de la différence et la solitude que l’on puisse ressentir lorsqu’on a de telles capacités. Touchée par ces paroles, Jean renonce progressivement à sa vengeance. Cependant, Frank, qui s’était installé à l’extérieur de la prison pour neutraliser Jean, tire une balle mais grâce à son sens d’araignée, Peter prend la balle à la place de Jean. Dans un état critique, Peter est transporté à l’hôpital tandis que Jean utilise ses pouvoirs pour le maintenir en vie. À son réveil aux côtés de Frank, Peter découvre qu’une foule entière est venue soutenir Spider-Man. Afin de préserver son identité, Frank enfile le masque du héros devant les fans, permettant à Peter de quitter discrètement l’hôpital et d’observer anonymement les habitants acclamer Spider-Man.

Quelque temps plus tard, Jean quitte New York pour commencer une nouvelle vie. De son côté, Peter retrouve Ned dans une boutique. En lui serrant la main, il reproduit machinalement le check qu’ils faisaient lorsqu’ils se connaissaient. Troublé, Ned semble alors reconnaître inconsciemment son vieil ami.

Source: Wikipédia