Le jour d’Halloween, Don Mitchell Jr. (Rupert Penry-Jones), maire de Gotham City, est assassiné par un tueur en série se faisant appeler « le Riddler » (Paul Dano). Le milliardaire Bruce Wayne (Robert Pattinson), qui a pendant deux ans agi en tant que justicier sous le nom de Batman, enquête aux côtés du département de police de Gotham City (GCPD). Le lieutenant James Gordon (Jeffrey Wright) découvre que le Riddler a laissé un message à Batman, mais le commissaire Pete Savage (Alex Ferns) le réprimande pour avoir permis à un justicier d’entrer sur la scène du crime et force Batman à partir. Le Riddler tue Savage et laisse un nouveau message à Batman.

Batman et Gordon découvrent que le Riddler a laissé une clé USB dans la voiture de Mitchell. Celle-ci contient des images de Mitchell en compagnie d’une femme, Annika (Hana Hrzic), au Iceberg Lounge, une boîte de nuit dirigée par Oswald Cobblepot dit « le Pingouin » (Colin Farrell), un lieutenant du gangster Carmine Falcone (John Turturro). Batman interroge le Pingouin, qui plaide l’ignorance. Batman remarque que Selina Kyle (Zoë Kravitz), colocataire et petite-amie d’Annika, travaille au Iceberg Lounge comme serveuse. Il suit Selina pour interroger Annika, mais celle-ci disparaît. Batman renvoie Selina au Iceberg Lounge pour obtenir des réponses. Grâce à Selina, Batman découvre que Savage était corrompu par Falcone, tout comme le procureur de district Gil Colson. Selina coupe la communication lorsque Batman insiste au sujet de sa relation avec Falcone.

Le Riddler enlève Colson, lui attache une bombe à retardement au cou et l’envoie interrompre les funérailles de Mitchell. Lorsque Batman arrive sur les lieux, le Riddler l’appelle depuis le téléphone de Colson (Peter Sarsgaard) et menace de faire exploser la bombe si Colson ne répond pas à trois énigmes. Batman aide Colson à répondre aux deux premières, mais lors de la troisième – donner le nom de l’informateur qui a permis au GCPD de réaliser une saisie de drogue historique permettant ainsi de mettre fin aux activités du gangster Salvatore Maroni – Colson refuse de répondre et meurt. Batman et Gordon en déduisent que l’informateur est probablement le Pingouin et le traquent jusqu’à une transaction entre trafiquants. Ils découvrent que les activités de Maroni n’ont jamais cessé et que de nombreux officiers du GCPD y sont impliqués. Selina les expose par inadvertance lorsqu’elle arrive pour voler de l’argent. Pendant que le Pingouin prend fuite, Selina découvre dans un coffre de voiture le cadavre d’Annika. Batman poursuit le Pingouin avec la Batmobile, le capture mais apprend qu’il n’est pas l’informateur.

Batman et Gordon suivent la piste du Riddler jusqu’aux ruines d’un orphelinat jadis géré par Thomas (Luke Roberts) et Martha (Stella Stocker), les parents de Bruce. Ils apprennent que le Riddler a été pensionnaire de l’orphelinat et qu’il en veut à la famille Wayne. Alfred Pennyworth, majordome et gardien de Bruce, est hospitalisé après avoir ouvert un courrier piégé adressé à Bruce. Le Riddler divulgue ensuite des preuves alléguant que Thomas, candidat à la mairie au moment de son assassinat, a engagé Falcone pour tuer un journaliste qui menaçait de révéler des détails embarrassants sur les antécédents psychiatriques de Martha. Bruce, qui a grandi en considérant son père comme moralement honnête, confronte Alfred. Alfred confirme que Thomas a bien demandé à Falcone d’intimider le journaliste, mais voulu le dénoncer à la police après avoir appris le meurtre ; il suppose que Falcone a fait tuer Thomas et Martha pour cette raison.

Selina dit à Batman que Falcone est son père biologique. Elle apprend qu’Annika a été tuée car Mitchell lui a dit que Falcone était l’informateur et décide de le tuer. Batman et Gordon arrivent au Iceberg Lounge à temps pour l’arrêter et arrêter Falcone, mais le Riddler lui tire dessus depuis un bâtiment voisin. Démasqué, se révélant être un comptable judiciaire nommé Edward Nashton, le Riddler est interné à l’asile d’Arkham. Nashton dit qu’il était jaloux de la sympathie que Bruce a reçue après le meurtre de ses parents alors que lui-même était ignoré, et qu’il voulait s’associer à Batman pour devenir également un justicier masqué. Batman rejette Nashton avec colère. En fouillant l’appartement de Nashton, Batman découvre que celui-ci a posté des véhicules piégés autour de Gotham et constitué un réseau de sympathisants qui prévoient d’assassiner la maire élue Bella Reál (Jayme Lawson).

Les bombes détruisent les digues autour de Gotham et provoquent l’inondation de la ville. Un abri est installé dans une arène couverte, où les sympathisants de Nashton tirent sur Reál mais sont arrêtés par Batman et Selina. Selina juge que Gotham ne peut plus être sauvée et part. Nashton se lie d’amitié avec un autre détenu. Batman contribue aux efforts de reconstruction et s’engage à inspirer l’espoir à Gotham.

Source: Wikipédia